اساس سنگ نبشته ها و مدارک موجود، سابقه سکونت در این مکان به قبل از اسلام برمی گردد. نام این مکان در زمان ساسانی نایگان بوده است. کلمه ناغان، معرب کلمه نایگان به معنای مکان مرطوب است که با توجه به وجود رودخانه‌ها و چشمه سارهای فراوان، علت این نام گذاری مشخص می‌شود. ناغان باداشتن قدمت تاریخی و با وجود چشمه ساران زیاد و آب فراوان جزء اولین نقاطی است که عشایر برای سکونت انتخاب کردند. به مرور زمان کلمه نایگان به نایغان و سپس به ناغان (در گویش محلی ناغون) تبدیل شده‌است.